前言:

農業生物多樣性範圍及於農業生態系，包括栽培的與野生的動植物以及微生物在遺傳上、物種上、以及生態系上的所有組成份；可分成農業環境生物多樣性、作物物種多樣性、以及作物品種 (基因) 多樣性等三個面向。

農業環境生物多樣性

傳統農業的生產力略差，不過就農地生態系而言，基本上仍然維持相對可觀的生物多樣性，包括土壤中的微生物、蚯蚓、以及地上的各種動物、雜草等，可說是較可持久經營的系統。近代農藥化肥的使用，對於農業棲地生物多樣性的破壞很大。目前所推廣的自然農法、生態農村、生物動態農法、永久農業、有機農業，以及改良自現代農法的低投入農業等，或通稱為另類農法，乃是學習傳統小農農法的方式為基礎而加以修改，此等方法強調恢復健康的土壤，增加土壤有機質，長期施行後應該會有效地提升生物多樣性。

作物物種多樣性

傳統農耕技術經過相當長期的演化，雖然對於自然生態系統有所改變，基本上農業仍是穩定、小型而多樣、以及具有韌性的，是可永續經營，而且可自給自足的。在市場經濟上，大農制通常講求生產成本的降低，其資金的投入大，作物種類少。這種方式會使得市場經濟容易影響的小農的收入，對小農相當不利。

作物品種 (基因) 多樣性

統農業生產體系由於農民長期的經營，可以孕育出適合當地各種特殊環境的多樣基因型。以稻為例，依照水的供應、栽培的方式、以及各式的食物需求，東南亞地區過去發展出相當多的稻品種。近代農業藉著灌溉水、化學肥料等新科技的投入，原本相當歧異多樣的農地環境因而單純化，栽培因環境而失敗的風險大減，因此降低對於品種多樣性的要求。然而品種數的減少，會增加環境的風險，因此農民維持多元化的品種，是永續農業的基礎。

土壤改善:

台灣土壤劣化的原因主要是地理位於亞熱帶及熱帶地區，高溫、多雨、多濕的環境，又在颱風及地震天災的衝擊，加上高度密集耕作的利用土壤，與溫帶之一年一期作物是不同的，致使農地容易引起地力衰退、土壤疲乏或忌地症的發生。台灣常見的土壤劣化問題，包括土壤物理性、土壤化學性及土壤生物性劣化等。其中土壤物理性劣化主要包括：土壤密實、土壤結皮、沖蝕（水蝕與風蝕）及排水不良；土壤化學性劣化包括：土壤酸化、土壤鹽鹼化、土壤肥力之流失、養分不平衡及有毒物質之加入；土壤生物性劣化包括：土壤有機質之減少、土壤大型與微生生物之減滅及病蟲害生態的劣變等，分別說明如下：

一、 土壤物理性劣化及改善要領：

土壤密實：受機械或人畜等重力在浸水或雨後耕犁及走動後使土壤之構造的孔隙破壞或減少所致。可利用深耕、翻土改善。

土壤結皮：是受雨滴之衝擊土表，形成表土的膠結，尤其坋質壤土最易發生，需加強有機質之施用改善之。

土壤沖蝕：受水、風等因子之衝擊而將土壤沖離流失，易發生在山坡地、地質陡峭及脆弱之地區，尤其地震破碎帶，受雨水灌入大量雨水後，當無法支撐時，即宣洩成土石流之問題。或是受地表開墾、濫墾之不當影響。表土在失去覆蓋及滲水能力，將導致表面逕流水之加大，形成沖蝕溝，更減少對地下水補充之不足及海邊地層下陷之問題。土壤沖蝕是減少表層土壤之主因，是地力劣化的原因，需加強水土保持之工作。

排水不良：台灣的大量降雨及洪水是排水不良的主因，水岸的地層下陷及不當設計的積水都是排水不良的原因。需要加強區域及局部土層的排水設施，以利排水工作。
二、土壤化學性劣化及改善要領：
土壤酸化及鹼化：土壤酸化的原因是酸雨、雨水大量淋洗及母質酸性、植物吸走大量正離子養分、不當的施用過多酸性肥料及過量有機酸所致，土壤鹼化的原因是海水倒灌、海水入侵地層及大量施肥所致。土壤太酸(ph<5.5)或太鹼(ph>7.5)需要以中和劑中和之，如以碳酸鈣中和酸性土壤，硫礦粉及酸性泥炭以中和鹼性土壤。
缺乏土壤有機質：台灣位在多雨高溫及多濕的環境下，土壤有機質分解較快，尤其是旱田或山坡地更是缺乏有機質，必須從增加土壤有機質著手，施用各種有機質材之肥料。
土壤營養分不均衡：不平衡或過量施用化學肥料，將造成營養元素間吸收的頡抗作用，或引起元素吸收的障礙及植體內代謝問題，無論巨量、次量、微量元素都不能過量，長期施用肥料，應定期監測土壤條件及注意土壤營養分是否有某些元素過量，以免發生養分不均衡問題。
鹽類及重金屬累積的問題及污染：污染及不當的灌溉水，或是化學肥料之鹽類使用過多，都會引起土壤鹽類及重金屬之累積。台灣土壤重金屬污染的土地面積在四級(偏高)及五級(高)約有數萬多公頃，均值得關切。因密集耕種作物時，大量施用鹽類肥料所引起的累積，可採用旱田水田輪作，水田耕作時可洗去大量的可溶性鹽類，或選擇較耐鹽的作用。
三、土壤生物性的劣化：
土壤生物的死亡及滅絕：現今農業的栽培經營常見多種農藥及肥料過量之應用。農藥中包殺蟲、殺菌、殺草的毒性物質，對土壤生物有或多或少的殺傷力，在土壤中的大型生物可以觀察到，農地蚯蚓的減少或滅絕，蚯蚓的滅絕可代表土壤生物變遷之「可見指標」，對生態的衝擊值得思考。常見連作問題及土壤病蟲害